Mesin CBR250RR 2 silinder mengusung mesin DOHC 4 valve twin cylinder water cooled yang kompak. Pompa oli di sisi kanan yang terintegrasi dengan mesin. Menempatkan saluran pernapasan mesin di belakang silinder dan meletakkan water pump di kepala silinder seperti Honda RC213V yang digunakan di balap MotoGP.
Lebar mesin 2 silinder hampir sama dengan mesin 1 silinder di kapasitas mesin yang sama. Namun soal power dan torsi, pihak AHM (Astra Honda Motor) belum kasih keterangan. Tapi, yang paling penting posisi filter dipindah di atas silinder. Maksudnya supaya downdraft air intake. Gas baru lebih cepat masuk silinder. (www.motorplus-online.com)